השלב הראשון של טיפול במחלת חניכיים הינו שלב אנטי-זיהומי הכולל בתוכו הדרכה לשמירה על בריאות הפה והמשנן, שינוי הרגלים המשפיעים לרעה על מצב החניכיים וניקוי עמוק (הקצעת שורשים) שמטרתו לסלק מזהמים, משקעים מפני שטח השורש.
במקביל, בשיתוף עם רופא השיניים המפנה, יש לטפל במוקדי זיהום נוספים במידה וקיימים כגון עששת, שחזורים לא מותאמים וכיו"ב.
טיפול זה נעשה בהתאמה למצבו של המטופל במטרה להשיג ירידה ברמת הדלקת וצמצום בעומק כיסי החניכיים. במקרים רבים טיפול זה יעזור למנוע ניתוחי חניכיים כאשר המחלה אינה מתקדמת.
הטיפול נעשה בהרדמה מקומית וזאת על מנת להשיג איזון בין טיפול אופטימלי לרווחתו של המטופל.